海上保安庁の担任水域は、領海、接続水域、排他的経済水域（EEZ）、日米SAR協定に基づく捜索救助区域（本土より南東1200海里程度）である。このうち領海とEEZを合わせた面積だけでも約447万km2あり、領土（約38万km2）の約11.8倍に相当する。これにSAR協定分担域を合わせると、国土面積の約36倍という広大な水域を担当していることになる。
海上保安庁の活動範囲は当初は「港、湾、海峡その他の日本国の沿岸水域において」（制定時の海上保安庁法第1条第1項）と限定されていたが、後に改正されて単に「海上において」と規定され、活動範囲の限定が解除された。そのため、活動範囲は全世界に及ぶ。一例として、専用船「しきしま」によるヨーロッパ - 日本間のプルトニウム輸送護衛任務、マラッカ海峡における海賊捜索任務などがある。
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海上保安庁は海上における警察・救難・交通業務を総合的に司ることを念頭に世界で初めて設置された海上警察機関である。よって、法第25条[2]により、海上保安庁は軍隊ではない事が規定されている。そのため、マーク・制服等は軍隊色をイメージしない物が取り入れられている。
一般的に国境警備隊・沿岸警備隊は、「準軍事組織」と認知されている。
巡視船艇の船舶自体の運航体制は民間船舶とほぼ同様であり、海上保安業務等は残りの乗組員により執行される。また停泊中は数名の当直を残し船内若しくは宿舎等で待機となる。